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16s-seq


测序简介

16S rDNA测序(Meta 16s seq)是指对环境样本16S rDNA 高变区进行PCR扩增及高通量测序的一种技术,可对特定环境下细菌和古菌的微生物种类和丰度进行有效的鉴定。

16S序列由9个高变区组成(如下图),中间穿插着保守区,是最常用的细菌分类标准,通过提取环境样品的DNA,并扩增其中16S rDNA基因;通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S序列可以用来鉴定绝大多数细菌。基于Illumina Miseq平台的16S rDNA测序可以一次性完成多个样本的平行测序,提供环境样本物种分类,物种丰度,种群结构,系统进化,群落比较等诸多信息。至于物种分类,对单个高变区测序已足够,不必测整个基因。在大部分微生物种类中,16S第三区(V3)及第四区(V4)共长约为459bp,长度仅差几个碱基对,锐博生物采用Miseq测序平台对16S V3-V4区进行扩增及测序。


图1 16S rDNA结构




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