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甲基化测序数据分析

        DNA甲基化对生命活动非常重要,是基因调控的手段之一(即通过对位于启动子及第一外显子区的CpG岛的甲基化而抑制基因的表达),它在维持细胞正常功能、传递基因组印记,胚胎发育、肿瘤发生等方面起着至关重要的作用,更是表观遗传学研究的热点。

MBD-Seq

        MBD-Seq(Methylated DNA Binding Domain Sequencing)的原理是:由于在哺乳动物中甲基化一般发生在CpG的胞嘧啶5位碳原子上,所以可通过特异性结合甲基化DNA的蛋白MBD2b富集高甲基化的DNA片段,并结合第二代高通量测序,对富集到的DNA片段进行测序,从而检测全基因组范围内的甲基化位点。


MeDIP-Seq

        MeDIP Sequencing(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing )通过使用5" -甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段,然后将富集后的DNA进行高通量测序。研究人员可以利用MeDIP Sequencing快速有效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织、甚至疾病样本间的DNA甲基化修饰模式的差异。


Bisulfit-Seq

        Bisulfite处理能够将基因组中未甲基化的C碱基与甲基化的C碱基区分开来,因此成为表观遗传学研究的经典实验方法。将Bisulfite处理与高通量测序技术的结合的Bisulfite Sequencing能够绘制单碱基分辨率的DNA甲基化图谱,可用于研究物种特定DNA区域甲基化与特定表型之间的关联,并进一步研究环境、营养以及其他因素对特定基因甲基化的影响,为人类疾病的发生、治疗,以及动植物分子育种等提供研究基础。


RRBS-Seq

        RRBS(Reduced Representation Bisulfite Sequencing)利用限制性内切酶对基因组进行酶切,可以极大幅度的提高CpG区域的测序深度,与全基因组甲基化测序相比,测序量将大大减少,并在CpG岛、启动子区域和增强子元件区域达到更高精度的分辨率。同时,利用RRBS可以实现多个样本的比对基因组分析。


服务流程


数据分析

基本数据分析

1、数据质量统计和过滤

2、酶切率计算

3、甲基化序列比对分析

4、promoter和CpG岛的覆盖度和测序深度统计

5、promoter/CpG岛的甲基化分析

6、DNA甲基化信号在基因组的分布

7、DNA甲基化信号的基因组元件注释


高级数据分析

1、差异甲基化区域(DMR)分析

2、promoter差异甲基化的基因功能富集分析

3、promoter差异甲基化的生物功能富集分析

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