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染色质免疫共沉淀测序数据分析

        真核生物的基因组以染色质的形式存在,染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物,研究DNA和蛋白质在染色质形式下的相互作用对于阐明真核生物的基因表达机制具有重要意义。

 

        染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛的应用于组蛋白特异性修饰位点、转录因子结合位点等的研究。随着新一代测序技术的成熟与发展,整合了染色质免疫共沉淀与高通量测序技术的ChIP-Seq,是继ChIP-chip之后,蛋白质与DNA相互作用研究的又一技术突破。

ChIP-Seq采用特异抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离与目的蛋白结合的基因组DNA片段,对其进行纯化和文库构建,再通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息。


技术特点

全基因组覆盖: 与ChIP-chip相比,ChIP-Seq可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定

高灵敏度: 每个样本可获得数百万条的序列标签,可发现研究基因组上稀有的蛋白结合位点

高精确率: 可获得高水平的信噪比数据,准确区分真实事件与噪音,精确定位蛋白结合位点

高性价比: 仅需较少的数据量即可鉴定全基因组范围内的结合位点


服务流程

 

数据分析

标准数据分析
1、去除接头序列及低质量reads的处理
2、测序质量评估
3、序列比对
4、测序reads全转录组分布图
5、结合峰鉴定
6、结合峰基因元件分布
7、差异结合峰检测
8、差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9、差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析

高级数据分析
1、结合峰的motif检测

 
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