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miRNA调控网络构建

        miRNA在细胞内参与多种重要的调控作用。miRNA可以调控多个靶基因的表达,而一个基因也可能受到多个miRNA的调控,同时miRNA的表达也受到基因的抑制或激活调控。miRNA与基因错综复杂的相互作用构成了一个复杂的整体调控网络(Regulatory Network)。

        锐博生物运用生物信息学的方法,通过数据采集、分析、建模、模拟和推断等方法构建复杂的miRNA调控网络关系,可以帮助科研人员分析miRNA的作用机理,找到上游调控和下游调控的关系,揭开miRNA复杂调控网络的神秘面纱。

 


服务一 : 构建miRNA->Gene 调控网络(适用于人、大鼠、小鼠物种)

 

图1 miRNA->Gene调控网络

        红点代表miRNA ,绿点代表miRNA的靶基因,黄点代表转录因子,浅蓝色线代表转录因子对该miRNA抑制作用 ,深红色线代表转录因子对该miRNA促进作用。深蓝色线代表miRNA对基因有靶向关系,浅灰色线代表基因间的PPI关系。图中p53抑制1个miRNA的表达,同时促进3个miRNA的表达,推测可能是该调控网络中的关键通路。


服务二: 构建转录因子->miRNA->Gene 调控网络(适用于人、小鼠物种)


图2 转录因子->miRNA->Gene调控网络

        红点代表miRNA ,绿点代表miRNA的靶基因,黄点代表转录因子,浅蓝色线代表转录因子对该miRNA抑制作用 ,深红色线代表转录因子对该miRNA促进作用。深蓝色线代表miRNA对基因有靶向关系,浅灰色线代表基因间的PPI关系。图中p53抑制1个miRNA的表达,同时促进3个miRNA的表达,推测可能是该调控网络中的关键通路。

        miRNA下游基因,miRNA上游转录因子同时展现在网络中,因此可以同时看到转录因子-> miRNA->Gene这样的三层关系。同时,由于miRNA的调控因子是预测所得,我们更进一步把转录因子和基因的互作关系也挖掘出来,从而能够对转录因子的正确性进行进一步验证。


miRNA调控网络报告内容

1) 网络结构表,包含文字版和高清图像版

2) 网络元素权重统计图

3) 生物信息学报告文本


参考文献

Sebastian, S., S. Ulf, et al. "Network analysis of microRNAs and their regulation in human ovarian cancer." BMC Systems Biology.

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