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ChIP芯片数据分析
    真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。因此,研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay, ChIP)的基本原理是在活细胞状态下把细胞内的蛋白质和DNA交联,超声波将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后用所研究的目的蛋白质特异性抗体免疫沉淀蛋白质-DNA复合体,从而特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。染色质免疫共沉淀是理解染色体的一种革命性工具,使研究者了解染色质及其相结合的调控因子之间的时空动态相互作用。
    染色质免疫沉淀技术(ChIP)与生物芯片技术相结合,为研究蛋白与整个基因组相互作用提供了可能,广泛应用于转录因子在整个基因组中的结合位点和其他DNA结合蛋白或蛋白复合体的DNA结合位点、组蛋白修饰功能、DNA修饰功能等研究。

    数据分析流程如下。

数据预处理(数据校正)
Peak calling:统计样品Peak信息
Peak区域基因注释及GO功能注释
多个样品Peak差异分析
根据客户需要提供的个性化分析

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