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De novo数据分析

        基因组de novo测序也叫做基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装,最终获得该物种基因组序列图谱的测序方法。该方法可以帮助研究者从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究,将加深研究者对物种的认识,在新基因的发现、物种改良等方面发挥巨大作用。


服务流程


微生物从头测序数据分析

基本数据分析

1、 去除接头序列及低质量reads的处理

2、 K-mer分析

3、 基因组大小估计

4、 序列组装

5、 组装基因组的深度和覆盖度分析

6、 组装结果的核酸库比对分析

7、 基因预测

8、 基因功能注释(GO-COG/KOG)

9、 基因生物通路注释(KEGG)

10、基因组详细信息环形图


高级数据分析

1、 共线性分析

2、 进化树分析

3、 基因家族分析

4、 CRISPR预测

5、 基因岛预测(毒力岛)

6、 前噬菌体预测

7、 分泌蛋白预测

8、 SNP分析

动植物从头测序数据分析

基本数据分析

1、 去除接头序列及低质量reads的处理

2、 K-mer分析

3、 基因组大小估计

4、 序列组装

5、 组装基因组的深度和覆盖度分析

6、 组装结果的核酸库比对分析

7、 基因预测

8、 基因功能注释(GO-COG/KOG)

9、 基因生物通路注释(KEGG)

10、基因组详细信息环形图

 


高级数据分析
1、 基因家族鉴定(动物TreeFam、植物OrthoMCL)

2、 物种系统发育树构建

3、 物种分歧时间估算(需要标定时间信息)

4、 基因组共线性分析

5、 全基因组复制分析(动物WGAC、植物WGD)

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