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基因上游的miRNA预测
    使用生物信息学方法对基因上游的miRNA进行预测,基于以下原理:1)miRNA序列本身与基因的3UTR存在互补配对以及一定的二级结构作用;2)分别对基因和miRNA进行功能分析,研究二者是否参与类似的生物通路。

    要求:人、大鼠或者小鼠的基因。

分析内容简介:

1、多种软件预测目标基因的上游miRNA,基于miRNA序列本身与基因的3UTR是否存在互补配对以及一定的二级结构作用。以文氏图展示分析结果。

图 多个软件预测基因上游的miRNA

2、目标基因的基因功能和生物通路分析,研究基因功能。(附加GO分析表格和KEGG通路图/表)


图 研究基因参与的生物通路

3、文献挖掘上游miRNA的疾病相关性(附加miRNA/疾病的对应表)

4、miRNA-疾病-gene 网络(附加网络图,本项分析能获得较好结果的前提是miRNA和目标基因有共同的疾病挖掘结果)



(2012/07/31 Lei)

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