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紫外交联免疫共沉淀测序数据分析

 

        CLIP-Seq即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,回收其中的RNA片段,经添加接头、RT-PCR等步骤,对这些分子进行高通量测序,再经生物信息学的分析和处理、总结,挖掘出其特定规律,从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。

 

        CLIP-Seq技术由于可以高通量的研究蛋白在体内与RNA的结合情况,极大的促进了蛋白质-RNA相互作用的研究。最近,这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。

在动物体内,成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC),结合于靶mRNA的3"-UTR区,阻止所结合的mRNA 的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理,我们可以通过CLIP-Seq技术来进行miRNA靶基因的筛选。

CLIP-Seq方法的应用能够非常明显地降低miRNA结合位点的假阳性预测频率并且减小miRNA结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定AGO2蛋白在不同RNA上的结合位点。

图1 CLIP-Seq原理

服务流程

数据分析

标准数据分析

1、  原始数据处理

2、  序列比对


高级数据分析

1、  全基因组范围内鉴定显著结合峰

2、   结合峰特征分析

3、  最小结合基序分析

4、  结合靶标的数据可视化展示

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