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lncRNA与基因共表达分析
        基于lncRNA与基因共表达分析的基因芯片探针重注释策略为lncRNAs的功能研究提供了新线索和研究方法。通过基因芯片探针重注释策略重新挖掘已有的基因表达谱信息,得到lncRNAs的表达谱数据,为lncRNAs的研究提供了大量的数据资源;基于此方法对lncRNAs进行大规模的功能预测,为分子生物学实验提供了重要的线索。

        利用蛋白编码基因和lncRNA的表达谱数据,并根据这些表达谱数据构建出蛋白编码基因和lncRNAs的双色共表达网络,基于该网络的拓扑结构,利用中心节点(Hub)、网络模块以及基因组共定位的方法对lncRNAs进行大规模的功能预测。


图例 调控网络

流程:
A)多张客户芯片分析,筛选若干显著差异的lncRNA。
B)从现有的Affymetrix芯片数据中挖掘出大规模的lncRNAs的表达谱数据,作为共表达网络数据库。
C)对上述二者交集进行lncRNA与mRNA的共表达关系分析,从而挖掘出与lncRNA可能存在功能关联的mRNA。
D)对mRNA进行GO或KEGG等功能分析。

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