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ChIP-Seq整体服务
     染色质免疫沉淀-深度测序(ChIP-Seq),是将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合所产生的一种高通量技术。这种技术,为全基因组 范围内分析DNA结合蛋白结合位点分布、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化等研究领域提供了一种高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法,是进行基因调 控和表观遗传机制研究的极佳选择。
     锐博生物结合自身多平台技术优势,独家提供最全面的组蛋白修饰位点ChIP-Seq整体服务,助您解开表观遗传组学“组蛋白密码子”的神秘面纱!
     目前所提供的组蛋白修饰ChIP-seq服务,涵盖以下26种组蛋白修饰形式:
Histon H3
Histon H3K36me1
Histon H3.3
Histon H3K79me2
 Histon H2A.Z Histon H3K14ac
 Histon H3K4me3 Histon H3K18ac
 Histon H3K4me2 Histon H3K27ac
 Histon H3K4me1 Histon H4K12ac
 Histon H3K9me3 Histon H3K9ac
 Histon H3K9me2  Histon H3K36ac
 Histon H3K9me1  Histon H2BK5ac
 Histon H3K27me3 Histon H2BK120ac
 Histon H3K27me2 Histon H3K56ac
 Histon H3K27me1  Histon H2AK119ub1

服务内容:

ChIP:

锐博生物采用国际知名品牌最高质量的ChIP级别抗体,提供前期ChIP实验,确保获得最佳的实验结果;

Seq:

采用国际主流新一代测序平台,提供专业的测序及生物信息学分析服务。

测序平台:Illumina HiSeq 2500

测序参数:SE 50,20M clean reads

注:仅限于人、大小鼠物种的细胞样本,细胞数量达到107


生物信息分析内容:

标准数据分析内容:

1、去除接头序列及低质量reads的处理

2、测序质量评估

3、序列比对

4、测序reads全基因组分布图

5、结合峰鉴定

6、结合峰基因元件分布

7、差异结合峰检测

8、差异结合峰相关基因GO功能富集分析

9、差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析

个性化数据分析内容:

结合峰的motif检测

应用案例:

组蛋白甲基化修饰一种重要的表观遗传学调控机制,参与基因转录调控过程。其中H3K4me3、H3K36me3与基因激活相关。

2012年,来自西班牙、意大利等国科学家组成的研究团队,利用ChIP -Seq技术检测了全基因组范围的H3K4me3、H3K36me3组蛋白修饰情况,结合转录组测序技术,鉴定了在胰岛组织及β细胞中特异性表达的lncRNA。


(A)分析流程大纲。

(B)10个H3K4me3高表达阳性基因在3种胰腺细胞组分(Islets、FACS β及Acinal)的RNA-seq表达情况。

(C)INS位点分别在染色质(ChIP-Seq)及RNA-Seq的定位。

(D)不同lncRNA分类的定义及数量。

(E)密码子替换率的核密度估计图。红色表示islet lncRNAs,黑色曲表示随机基因间区,绿色表示随机编码蛋白的外显子。

(F)转录水平的核密度估计图。绿色表示所有RefSeq 基因,红色表示基因间区lncRNA,绿色表示反义链lncRNA。(Mor?n I, et al. Cell metab.2012)


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