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circRNA-Seq
      环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。
      近年研究发现,circRNA具有很多重要的调控功能,例如,circRNA可以作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。除此以外,circRNA也具有调控其他类型RNA、调节蛋白质活性等功能。circRNA在不同物种中具有保守性,而且存在组织表达差异,且circRNA的环状结构对RNase不敏感,导致它比线性RNA更为稳定,这些特性使得circRNA具有开发疾病新型诊断与治疗方法的巨大潜力,研究意义重大。

circRNA的生成机制及作用机制
      利用目前最先进新一代测序平台,锐博生物隆重推出circRNA高通量测序服务。我们将为研究者提供包括circRNA鉴定、表达量计算、注释分析、分布统计以及circRNA保守性分析、互作miRNA分析在内的多种生物信息学分析内容,为研究者深度挖掘circRNA功能与机制信息。
测序流程
测序模式
测序平台:Illumina HiSeq 3000/2500
测序模式:PE150/PE100
测序数据量:每个样本5G clean data
送样要求:细胞样本不少于5×107个细胞;组织样本干重600~1μg;RNA样本不少于20μg。
信息分析
基础分析
1、数据统计
2、基因比对与统计
3、环状RNA鉴定
4、环状RNA分布统计
5、环状RNA注释
6、环状RNA表达量计算
7、样品组间表达差异分析
8、差异基因GO分析
9、差异基因KEGG分析
10、生物学重复样品间相关性分析
11、环状RNA序列预测
高级分析
1、环状RNA保守性分析
2、环状RNA与miRNA互作分析
分析内容具体详情请咨询当地销售工程师
案例解读
      利用高通量测序鉴定H9细胞系ciRNA
      本项研究利用Illumina HiSeq 2000测序平台对H9细胞系进行去rRNA去线性RNA测序,共鉴定出103个来源于内含子的环状RNA(circular intronic RNA,ciRNA),ciRNA的成环过程依赖于两个共有基序。另外,研究者还发现,一个名为ci-ankrd52的ciRNA会作为RNA Pol II的正向调节因子,引导RNA Pol II在其基因转录起始位点处富集,促进转录延伸。本项研究也发现了ciRNA所具有的顺式调控元件功能。
本项研究circRNA富集过程
使用RNase R对H9细胞中ciRNA进行富集后散点分析图。横轴表示RNase R富集样本中单个ciRNA表达量变化,纵轴表示非polyA/非核糖体RNA(p(A)/ribo-)中ciRNA表达量,对比看出RNase R处理导致多种线性lncRNA表达下调(蓝色标记),而红色标记的ciRNA表达上调

相关文献:Zhang Y, Zhang X O, Chen T, et al. Circular intronic long noncoding RNAs[J]. Molecular cell, 2013, 51(6): 792-806.
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